PhD Student (d/w/m) Translationale Forschung im Bereich Solide Tumore
Campus Benjamin Franklin, Steglitz
Forschung
Befristet
Teilzeit
Hämatologie und Onkologie
Berlin
Arbeiten an der Charité
Wir suchen eine hochqualifizierte und motivierte Wissenschaftlerin / einen hochqualifizierten und motivierten Wissenschaftler für ein Projekt im Bereich der translationalen Krebsforschung und räumlichen Multi-Omics-Datenanalyse. Unsere interdisziplinäre Arbeitsgruppe an der Charité, mit engen Verbindungen zum MDC und zum DKTK, vereint Ärztinnen / Ärzte und Wissenschaftlerinnen / Wissenschaftler aus Biologie, Biochemie und Bioinformatik. Wir bieten eine strukturierte Betreuung sowie Zugang zu modernsten Technologien. Das Projekt baut auf einer etablierten räumlichen Multi-Omics-Plattform für solide Tumoren auf, mit Schwerpunkt auf dem primären Uvealmelanom und seiner Mikroumgebung. In diesem Projekt soll dieses Framework auf klinisch relevante Vergleiche angewendet werden, darunter vor und nach Immuntherapie sowie Primär- versus Metastasenproben, um prognostische und therapierelevante räumliche Biomarker der Tumor–Immun-Interaktion zu identifizieren.
Die Stelle im Überblick
- Translationale Promotionsarbeit mit bioinformatischem Schwerpunkt zur Identifikation räumlicher und molekularer Biomarker für die Stratifizierung von Metastasierungsrisiko und Überleben sowie für gezielte Therapieansätze
- Analyse und Integration multimodaler Einzelzell- und räumlicher Datensätze, einschließlich Single-Nucleus-Sequenzierung, Xenium-Spatial-Transcriptomics und Protein-Imaging, zur Charakterisierung von Tumor-Immun-Nichen
- Analyse räumlicher Ligand–Rezeptor-Interaktionen, Proximität und Nischen, um zu bestimmen, wie Tumorgenotypen und Tumorzustände mit spezifischen Immunzellsubtypen kolokalisieren und interagieren
- Analysen der differenziellen Zellzusammensetzung, von Signalwegen und räumlich variablen Genen über klinisch relevante Vergleiche
- Ableitung nachfolgender mechanistischer Validierung und Translation der Ergebnisse in valide Biomarker für Risikostratifizierung und gezielte Therapie, in enger Zusammenarbeit mit Klinikerinnen / Kliniker und Wet-Lab-Wissenschaftlerinnen / Wissenschaftler (einschließlich Kooperationen am MDC / BIMSB und an DKTK-Standorten)
- Anwendung eines breiten Methodenspektrums: Einzelzell- und räumliche Transkriptomik, RNA-Sequenzierung, Multiplex-Imaging, hochdimensionale Datenintegration sowie reproduzierbare und skalierbare bioinformatische Workflows
- Sie werden als wissenschaftliche Mitarbeiterin / wissenschaftlicher Mitarbeiter beschäftigt: Nach §110 (4), Satz 3 sieht das BerlHG für wissenschaftliche Mitarbeitende eine angemessene Zeit innerhalb der Arbeitszeit für die eigene wissenschaftliche Weiterqualifikation vor
Danach suchen wir
- Masterabschluss (oder äquivalenter Abschluss), vorzugsweise in Bioinformatik, Computational Biology oder einer verwandten naturwissenschaftlichen Disziplin mit starkem Schwerpunkt auf Bioinformatik und/oder Datenanalyse
- Hohe Motivation, Fähigkeit zu selbstständiger wissenschaftlicher Arbeit, lösungsorientiertes Denken und ausgezeichnete Kommunikationsfähigkeiten
- Grundkenntnisse in statistischen Testverfahren sowie in Molekular- und Zellbiologie
- Sehr gute Englischkenntnisse in Wort und Schrift
- Erwünscht: praktische Erfahrung mit RNA-Sequenzierungs- oder Spatial-Transcriptomics-Daten, Hochleistungsrechnen (HPC) und dem Management großer Datenmengen
Das bringt die Charité mit
- Eine hoch professionelle Zusammenarbeit in einem motivierten und interdisziplinären Team
- Eine zukunftsorientierte, abwechslungsreiche und anspruchsvolle Tätigkeit mit hoher Eigenverantwortung und persönlichem Handlungsspielraum
- Interkulturelle Teamveranstaltungen, gut strukturiertes Onboarding mit netten Kolleginnen und Kollegen
- Umfangreiche kostenfreie Fort- und Weiterbildungsmöglichkeiten
- Vergünstigungen bei vielen Angeboten für Beschäftigte für die Bereiche Shopping, Reisen, Sport
- Eine zusätzliche Absicherung im Alter durch unsere betriebliche Altersvorsorge
- Seit 2007 zertifiziert als familiengerechte Hochschule und familiengerechtes Unternehmen - Weitere Informationen finden Sie hier
Informationen zur Stelle
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Entgeltgruppe E13 TVöd VKA-K. Hier finden Sie alle Informationen zum Gehalt und Tarifvertrag
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Arbeitszeit beträgt in Teilzeit 65%
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Die Position ist bis zum 31.12.2029 befristet, da sie an die Projektlaufzeit gebunden ist
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Die Bewerbungsfrist endet am:
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Kennziffer: 8489