Doktorandin / Doktorand (d/w/m) Gastroenterologie, Infektiologie und Rheumatologie
Innere Medizin
Teilzeit
Befristet
Forschung
Campus Benjamin Franklin, Steglitz
Arbeiten an der Charité
Unsere Arbeitsgruppe beschäftigt sich mit der molekularen Charakterisierung chronisch-entzündlicher Darmerkrankungen mit Fokus auf fistulierende Verläufe bei Morbus Crohn. Ziel ist es, krankheitsspezifische Zell-Zell-Interaktionen und molekulare Programme zu identifizieren und daraus neue therapeutische Ansätze abzuleiten.
Im Rahmen eines durch die Else Kröner-Fresenius-Stiftung geförderten Projekts werden modernste räumliche Multi-Omics-Technologien (metabolic Imaging Mass Cytometry und 10X 5K Spatial Transcriptomics) kombiniert, um die Pathogenese von Fisteln und deren Progression zu untersuchen. Ergänzend werden patientenabgeleitete intestinale Assembloid-Modelle etabliert, um funktionelle Mechanismen zu validieren.
Zusätzlich besteht die Möglichkeit, an einem Projekt zur molekularen Charakterisierung von Fistel-assoziierten Karzinomen mitzuwirken. Wir bieten Ihnen ein hochmodernes translationales Forschungsumfeld mit Zugang zu Core Facilities, die enge Einbindung in nationale und internationale Kollaborationen (u. a. CRC-TRR241/ IBDome), eine strukturierte wissenschaftliche Betreuung sowie die Mitarbeit in einem interdisziplinären und internationalen Team.
Die Stelle im Überblick
- Etablierung und Weiterentwicklung einer multimodalen Analysepipeline für Metabolic Imaging Mass Cytometry (IMC / mIMC) und Spatial Transcriptomics (10x Xenium 5K)
- Integration und Analyse multimodaler Datensätze (Protein + Transkriptom + Spatial Data)
- Bioinformatische Auswertung (z. B. R-basierte Pipelines, SingleCell-Analysen, Integrationsmethoden)
- Analyse von Zell-Zell-Interaktionen und molekularen Netzwerken bei fistulierendem Morbus Crohn
- Mitarbeit an der Etablierung und Analyse humaner intestinaler Assembloide
- Funktionelle Validierung identifizierter molekularer Kandidaten
- Unterstützung bei der Gewinnung, Aufarbeitung und Dokumentation von Patientenproben (Biopsien, Resektate)
- Enge Zusammenarbeit mit klinischen Partnern, Core Facilities und Bioinformatik
- Präsentation der Ergebnisse auf Konferenzen und in Lab-Meetings
- Verfassen wissenschaftlicher Publikationen
- Wissenschaftlichen Mitarbeitenden wird nach § 110 (4), Satz 3 BerlHG eine angemessene Zeit innerhalb der Arbeitszeit für die eigene wissenschaftliche Weiterqualifikation zur Verfügung gestellt
Danach suchen wir
- Abgeschlossenes Masterstudium in Biologie, Biotechnologie, Bioinformatik oder verwandten Lebenswissenschaften
- Interesse an translationaler Forschung und humanen Krankheitsmodellen
- Erfahrungen in Einzelzell- oder Spatial-Omics, Bioinformatik / Datenanalyse (R, Python), Zellkultur / Organoide / Assembloids oder Immunologie / Molekularbiologie vorteilhaft
- Motivation, eigenständig und im Team zu arbeiten
- Strukturierte und sorgfältige Arbeitsweise
- Sehr gute Englischkenntnisse
Das bringt die Charité mit
- Mitarbeit in einem innovativen, translationalen Forschungsprojekt mit hoher klinischer Relevanz
- Zugang zu einzigartigen Patientenkohorten und Biobank-Daten
- Ausbildung an modernsten Technologien (Spatial Omics, Multi-Modal Data Integration)
- Möglichkeit zur wissenschaftlichen Weiterentwicklung und Publikation in hochrangigen Journals
- Einbindung in strukturierte Graduiertenprogramme
Informationen zur Stelle
- Entgeltgruppe E13 TVöD VKA-K. Hier finden Sie alle Informationen zum Gehalt und Tarifvertrag
- Arbeitszeit ist in Teilzeit mit 25,03 Wochenstunden
- Die Position ist bis zum 31.07.2029 befristet, da sie an die Projektlaufzeit gebunden ist
- Bei uns sind 30 Tage Urlaub Standard
- Die Bewerbungsfrist endet am: 31.05.2026
- Kennziffer: 7189